慶長八年（1603），平定天下的德川家康正式在江戶開設幕府，與此同時也開始推進江戶的城市建設。德川開府伊始為了限制各地大名勢力的發展，便制訂了《武家諸法度》作為幕府統治大名的基本法，至寬永十二年（1635）第三代將軍德川家光時基本定型，正式明確了「參勤交代」的制度。在這個制度的規定下，各藩的大名均要定期前往江戶覲見將軍，並在幕府居住和執行一段時間的政務後方可返回本藩。

隨著「參勤交代」一起確立的，是大名在江戶集中居住的制度化。為了給各地大名在江戶期間的生活提供保障，幕府向他們劃撥土地來營造宅邸。大名們在建造住所之餘，也營造了許多風光旖旎的回游式庭園，後樂園便是其中之一。

為了與岡山的後樂園相區別，位於東京都的這處後樂園被稱為「小石川後樂園」，它最初的建造者是水戶藩初代藩主德川賴房。

水戶藩作為德川家重要的旁系分支，位列「禦三家」之一，有著同其他大名不一樣的身份地位。所以小石川後樂園在建造中，使用了很多數百年以上樹齡的高大喬木、各種造型奇特的巨石，還專門從江戶城中引出水源建造了中心的大泉水，這些都是其他大名庭園所不能及的。

第二代藩主德川光圀，在寬文元年（1661）到元祿三年（1690）的近三十年時間裡，對小石川後樂園進行了大規模整修。也正是在這一時期有了「後樂園」之名，這個名字的由來與一位明朝遺臣有著關係，他就是朱舜水。

朱舜水是浙江余姚人，滿清鐵蹄踐踏江南之時，他先後追隨魯王朱以海和鄭成功、張煌言等著名將領，積極進行抗清鬥爭。在看到復明無望之後，為了保全文明薪火與民族氣節，朱舜水毅然辭別故土、流亡日本。

朱舜水到達日本後，德川光圀便執弟子之禮專程派人從長崎邀請他到江戶講學。這期間，朱舜水也曾參與了小石川後樂園的整修工程，不僅為這座大名庭園正是定名，還在園內設計了一座中式意蘊的「円月橋」。

円月橋由當時的工匠大師駒橋佳兵衛在朱舜水的指導下建造，因橋身倒映在水面上形成了相似滿月的形狀而得名。據說後來德川幕府的八代將軍德川吉宗曾想在吹上庭園中仿建一座円月橋，但未能如願。

在這之後，後樂園內的景致也不斷進行過整修，到第六代藩主德川治保時其規模到達頂峰。整個後樂園以蓬萊島大泉水為中心，在園內營造了諸多象徵性的景致。既有通天橋、大堰川等日本名勝，也有小廬山、西湖堤等中國風光。使人行走在庭園中，盡享山河湖海勝景。

天下有道則現，無道則隱。流寓日本的朱舜水因他的德行和學問而受到極大尊崇，他的思想對於前期「水戶學」的發展產生了極大影響，以其學說為宗旨的「江戶學派」更是一直影響到日本的明治維新。

永曆三十六年（1682）四月，朱舜水逝於大阪。水戶藩在歷代藩主的墓地瑞龍山為他建造了明朝式樣的墳墓來安葬，德川光圀率諸朝士臨其葬，樹碑題文「明徵君子朱子墓」、私諡「文恭先生」。 德川光圀父子還派人整理了朱舜水的遺稿，刊印成二十八卷《舜水先生文集》。

朱舜水死前遺言：「予不得再履漢土，一睹恢復事業。予死矣，奔赴海外數十年，未求得一師與滿虜戰，亦無顏報明社稷。自今以往，區區對皇漢之心，絕於瞑目。見予葬地者，呼曰『故明人朱之瑜墓』，則幸甚。」